История школы № 25 началась еще в 1935 году, когда на основании постановления Совнаркома и ЦК ВКП (б) от 22 февраля 1935 года было принято решение о её строительстве. А уже 1 сентября 1936 года в школу пришли первые ученики фабрично-заводской семилетки. Их выпуск (первый выпуск школы) пришелся на 1940 год. Многие выпускники со школьной скамьи ушли прямо на фронт и не вернулись, остались вечно молодыми в памяти одноклассников и родных.
В 1949 году школа стала женской 7-леткой, а с 1954 года – обычной средней школой. Сегодня в бывшем здании школы № 25 разместился Эколого-биологический лицей.
В 1991 году школа переезжает в новое здание по адресу: Московский 43, корпус 2.
В 2009 году школа № 25 получает статус гимназии, а ее девиз "Вера! Надежда! Любовь!" Именно поэтому 30 сентября традиционно отмечается как день рождения гимназии, где на торжественном мероприятии первоклашек посвящают в гимназисты.
В год своего 85-летия МБОУ Гимназия № 25 - одно из крупнейших образовательных учреждений Архангельска, центр методической работы территориального округа Майская горка.
Инфраструктура гимназии постоянно развивается и совершенствуется. Сейчас во всех учебных кабинетах установлены персональные компьютеры для учителей, которые объединены в единую сеть и подключены к высокоскоростному каналу доступа к сети Интернет, имеется проекционное (мультимедийные проекторы и документ-камеры) и интерактивное оборудование (интерактивные доски), которое активно используется педагогами. С октября 2019 года гимназия также является опорным учреждением системы образования города Архангельска по внедрению цифровых технологий в образовательный процесс.
С сентября 2020 года в гимназии заработал универсальный цифровой класс из 30 ноутбуков-трансформеров, где по отдельному расписанию проводят занятия учителя-предметники, а также реализуются проекты, связанные с 3D-технологиями и виртуальной и дополненной реальностью.
Сегодня в гимназии в 43 классах, где обучается более 1200 ребят, работает высокопрофессиональный педагогический коллектив – 54 учителя, из которых 20 имеют высшую квалификационную категорию, 20 – первую, 1 педагог имеет звание Заслуженный учитель Российской Федерации, 8 педагогов награждены нагрудными знаками Министерства образования Российской Федерации.